Muita da crítica que se pode observar no Memorial já se encontra exposta no «post» referente ao espaço social da obra.
O que aqui se expõe é uma síntese da visão crítica do narrador, aplicada a três grandes sectores da vida portuguesa da época.
1. IGREJA
- Crítica às circunstâncias que envolveram o surgimento da promessa de construção de um convento em Mafra, chegando o narrador, inclusive, a levantar algumas dúvidas acerca da eficácia dessa mesma promessa;
- Crítica ao fanatismo religioso da rainha;
- Crítica à vivência postiça da religião, segundo as conveniências e as necessidades de cada um;
- Crítica à Inquisição, instalada no reino para atender o interesse da Coroa, visando o enriquecimento através dos bens subtraídos aos judeus;
- Crítica ao poder crescente e à influência que a Igreja exerce na vida da nação e dos seus destinos, manietando o povo e o próprio rei;
- Crítica ao facto de promover e fomentar as diferenças sociais, pois acima de tudo estão os seus próprios interesses;
- Crítica à mundividência religiosa, caracterizada pelo obscurantismo, pelo fanatismo, pelas práticas da Inquisição, responsáveis pela morte bárbara, pela destruição do Homem, nomeadamente daqueles que, pelo seu espírito superior e pela sua visão própria do mundo, contrastavam com a mediocridade e a ignorância dos preceitos religiosos da época;
- Crítica à devassidão, à corrupção (económica e moral) e ao desrespeito pelo celibato dos frades e das freiras, atraídos pelos prazeres mundanos, da carne, esquecidos dos votos que fizeram ao consagrarem-se;
- Crítica ao poder, à vaidade e à hipocrisia da Igreja, que cala as explorações de que o povo é vítima, fingindo ignorar que passa fome e não tem uma habitação condigna.
2. REI
- Crítica à prepotência, à megalomania, à vaidade excessiva e à ignorância;
- Crítica ao poder absoluto e arbitrário do rei, que não ouve ninguém, excepto o Santo Ofício, decidindo, contra todas as razões de estado e do bom-senso, as instalações em Mafra de modo a lá caberem 300 frades;
- crítica à má administração do país e das finanças, ao desperdício de uma oportunidade de ouro para desenvolver o reino, aproveitando as imensas riquezas provenientes dos vários pontos do império;
- crítica ao investimento avultado na construção do convento;
- crítica à imitação e à importação de modas do estrangeiro (por exemplo, a cama da rainha veio da Holanda e o infante D. Francisco oferece à cunhada jóias produzidas em França);
- Crítica à exploração e à miséria do povo.
3. SOCIEDADE
- Crítica ao povo pelo seu atraso e pela sua ignorância, pela acefalia religiosa, pela superstição, pelo fanatismo, pela forma festiva como celebra os autos-de-fé;
- Crítica às desigualdades sociais;
- Crítica à desumanidade da guerra, à futilidade das suas causas e ao desprezo a que são votadas as pessoas quando deixam de ter préstimo (é o caso de Baltasar);
- Crítica aos casamentos de conveniência (por exemplo, o de D. João V e de D. Maria Ana), com resultados nefastos (adultério, falta de amor, filhos bastardos...);
- Crítica às perseguições políticas, justificadas com razões religiosas, culminando na descrição dos autos-de-fé.
