O tempo do discurso é revelado através da forma como o narrador relata os acontecimentos. Ele pode apresentá-los de forma linear, optar por retroceder no tempo em relação ao momento da narrativa em que se encontra ou antecipar situações.
1. Analepses
- a referência a 1624: a explicação, em parte, da construção do convento como consequência do desejo expresso nesse ano, pelos franciscanos, de possuírem um convento em Mafra;
- a referência à batalha de Jerez do los Caballeros, em "Outubro do ano passado";
- D. Maria Ana Josefa "chegou há mais de dois anos da Áustria para dar infantes à coroa portuguesa...";
- D. João V é "um homem que ainda não fez vinte e dois anos...";
- "S. Francisco anda pelo mundo, precisamente há quinhentos anos, em mil duzentos e onze." (esta analepse e a anterior permitem deduzir a data de 1711 como a que marca o início da acção - 1211 + 500 = 1711; D. João V nasceu em 1689 + 22 anos = 1711);
- a referência ao facto de o primeiro auto-de-fé ter acontecido "dois anos depois de se queimarem pessoas em Lisboa", que remete para 1709;
- o regresso da nau de Macau, que partiu "há vinte meses", ainda Sete-Sóis andava na guerra;
- o nascimento e baptizado da infanta Maria Bárbara ou do infante D. Pedro, que morrerá com dois anos;
- o nascimento do futuro do rei D. José em 1714.
2. Prolepses
- as mortes do sobrinho de Baltasar e do infante D. Pedro;
- a morte de Álvaro Diogo, que viria a cair de uma parede durante a construção do convento;
- o prenúncio da morte da filha do Visconde de Mafra para daí a dez anos: "... não vai haver muita música na vida desta criança (...) daqui a dez anos morrerá e será sepultada na igreja de santo António...";
- a informação sobre os bastardos que o rei iria gerar, filhos das freiras que seduzia: "... por isso se diverte tanto com as freiras (...) que quando acabar a sua história se hão-de contar por dezenas os filhos assim arranjados...";
- as referências aos cravos (outrora, nas pontas das varas dos capelães; muito mais tarde, símbolos da revolução do 25 de Abril);
- a associação entre os possíveis voos da passarola e o facto de os homens irem à lua no século XX;
- a alusão ao tipo de diversões típicas do século XVII;
- a referência à futura existência de cinema e aviões: "... para vir o cinema ainda faltam duzentos anos, quando houver passarolas a motor, muito custa o tempo a passar...".
3. Sumários
- "Tornou o padre aos estudos, já bacharel, já licenciado, doutor não tarda.";
- "Aí está Junho".
4. Elipses
- alguns períodos em que Baltasar e Blimunda estão em Mafra ou em S. Sebastião da Pedreira;
- as viagens do padre Bartolomeu de Gusmão ao estrangeiro, nomeadamente à Holanda;
- o período que o padre passou em Coimbra a estudar;
- o período de nove anos, correspondente à procura de Baltasar por parte de Blimunda: "Durante nove anos, Blimunda procurou Baltasar. (...) Milhares de léguas andou...".