A contracapa do romance, elaborada pelo próprio Saramago, define, desde logo, as suas linhas temáticas: «Era uma vez um rei que fez promessa de levantar um convento em Mafra. Era uma vez a gente que construiu esse convento. Era uma vez um soldado maneta e uma mulher que tinha poderes. Era uma vez um padre que queria voar e morreu doido. Era uma vez.»
In Memorial do Convento
De facto, a intriga do romance gira à volta da construção do convento de Mafra - que poderemos designar como acção principal - e das personagens referenciais e/ou ficcionais ligadas a essa construção, mas dela derivam outras linhas de acção, como a relação entre Baltasar e Blimunda, a construção da passarola e a epopeia dos trabalhadores.
De qualquer forma, costuma apontar-se a existência de três linhas de acção centrais em Memorial do Convento:
- A construção do Convento de Mafra, resultante da promessa feita por D. João V aos frades franciscanos, segundo a qual aquele seria edificado caso a rainha desse à luz, no prazo de um ano, um herdeiro para o trono português. Esta linha de acção, por outro lado, serve os intuitos críticos do narrador, que aproveita para denunciar o sacrifício e a morte de inúmeros trabalhadores - muitos deles fizeram-no contra a sua vontade - durante a realização das obras. E tudo isto para satisfazer a vaidade do rei.
- A relação de amor entre Baltasar e Blimunda, personagens que se envolveram quer nas obras do convento quer na construção da passarola, através, respectivamente, do seu esforço muscular e dos seus poderes mágicos.
- A construção da passarola pelo padre Bartolomeu de Gusmão, símbolo do desejo eterno do Homem de voar.
Por outro lado, podemos considerar a existência de quatro momentos na acção do romance:
-» 1.ª parte - Capítulos I a VIII (ano de 1711):
- A promessa de construção do convento;
- A gravidez da rainha, da qual resultaria a futura princesa D. Maria Francisca Bárbara;
- A apresentação de Baltasar, Blimunda e Bartolomeu de Gusmão;
- A menção ao projecto da passarola;
- O nascimento do segundo filho do casal real, o infante D. Pedro, que morrerá com dois anos de idade;
- O cumprimento da promessa real, com a escolha do local de construção do convento.
-» 2.ª parte - Capítulos IX a XVI (anos de 1713 a 1722):
- A construção da passarola;
- A construção do Convento de Mafra, na qual participa a família de Baltasar Mateus;
- A doença de Blimunda e os poderes curativos da música do cravo de Domenico Scarlatti;
- A tentativa de destruição da passarola pelo seu criador;
- O desaparecimento do padre Bartolomeu de Gusmão.
-» 3.ª parte - Capítulos XVII a XXIV (anos de 1723 a 1730):
- Baltasar participa na construção do convento;
- Morte de Bartolomeu de Gusmão, anunciada por Domenico Scarlatti;
- Sagração do convento (22 de Outubro de 1730, data do quadragésimo primeiro aniversário do rei);
- Desaparecimento de Baltasar na passarola.
-» 4.ª parte - Epílogo (Capítulo XXV):
- Errância de Blimunda em busca de Baltasar, que acaba por encontrar, passados nove anos, num auto-de-fé.